ChemBio3D Ultra是一款化學(xué)結(jié)構(gòu)式畫(huà)圖軟件,通過(guò)觀察3D分子模擬圖形,研究化合物的三維結(jié)構(gòu),預(yù)測(cè)化合物屬性和特異性,在ChemDraw里搭建有機(jī)小分子、觀察3D結(jié)構(gòu)。
軟件特色
1、可視化建模
通過(guò)3d建模、可視化和計(jì)算等功能,科學(xué)家能夠更好、更快地確定出研究重點(diǎn),從而提高生產(chǎn)力,快速達(dá)成研究目標(biāo)。學(xué)生則可以使用ChemBio3D Ultra官方版更加深入地認(rèn)識(shí)分子的3D空間結(jié)構(gòu)及對(duì)其屬性所產(chǎn)生的影響。
2、2D與3D模式結(jié)構(gòu)互換
ChemBio 3D集成ChemBioDraw,可簡(jiǎn)化2D和3D模式之間的結(jié)構(gòu)互換,科學(xué)家能夠研究小分子和生化制劑的三維形狀及屬性,并且使合成化學(xué)家與計(jì)算化學(xué)家之間的交流更有效和開(kāi)放。
3、豐富的應(yīng)用接口
ChemBio 3D經(jīng)濟(jì)實(shí)用,充分滿(mǎn)足大多數(shù)科學(xué)工作者的需求,同時(shí)也能提供與其它應(yīng)用程序的接口,滿(mǎn)足用戶(hù)對(duì)更高級(jí)功能的需求。這款程序在普通桌面系統(tǒng)上即可運(yùn)行,無(wú)需配備高性能和高端制圖功能的系統(tǒng)。
4、兼容多款程序、準(zhǔn)確預(yù)測(cè)結(jié)果
ChemBio 3D包括多個(gè)可選版本,如半經(jīng)驗(yàn)建模程序MOPAC、半經(jīng)驗(yàn)和從頭開(kāi)始的Gaussian分子軌道計(jì)算,并可連接到從頭計(jì)算程序GAMESS以及可處理柔性配體的自動(dòng)對(duì)接程序AutoDock。
功能介紹
3D眼鏡
(W)包括眼鏡提供增強(qiáng)的立體聲模式與深度的陰影,給現(xiàn)實(shí)的三維效果圖質(zhì)量的所有結(jié)構(gòu)。(包括在光盤(pán)購(gòu)買(mǎi)而已。)
自動(dòng)覆蓋
(W)選擇多個(gè)分子結(jié)構(gòu),自動(dòng)對(duì)齊靶分子。
ChemDraw盜鏈
(W)同時(shí)2D和3D編輯!使用ChemDraw窗口嵌入在Chem3D畫(huà)結(jié)構(gòu)的應(yīng)用。這個(gè)強(qiáng)大的功能,增加了一個(gè)二維視圖,總是在3D視圖同步。
chemprop
(W)先進(jìn)的性能參數(shù)包括BP、MP和更多。
ClogP
(W)ClogP產(chǎn)權(quán)服務(wù)器提供計(jì)算的正辛醇/水分配系數(shù)的新方法。
二面角驅(qū)動(dòng)
(W)新的構(gòu)象分析工具允許MM2能量圖的生成。
增強(qiáng)的圖形
(W)c hem3d使用OpenGL提供高質(zhì)量的圖形顯示。
正式指控
(W)分配形式電荷原子和結(jié)構(gòu)將產(chǎn)生離域自動(dòng)充電。
GAMESS接口
(W)結(jié)構(gòu)的界面會(huì)。
組標(biāo)簽
(W)在結(jié)構(gòu)模型視圖顯示組的標(biāo)簽。
氫鍵
(W)自動(dòng)顯示氫鍵在3D視圖!
凱庫(kù)勒/異于尋常的顯示模式
(W)之間的虛線和交替的離域和芳香鍵單雙鍵表示切換。
邏輯
計(jì)算分配系數(shù)D值的對(duì)數(shù),這是所有形式的化合物的濃度之和的比值(電離和非離子化)在一個(gè)階段。
日志
計(jì)算一個(gè)化合物的溶解度值的對(duì)數(shù)。這個(gè)值顯著影響其吸收和分布特征。
mm2
(W)內(nèi)置mm2生成逼真的三維結(jié)構(gòu)的支持。
MMFF94
(W)MMFF94是分子力學(xué)力場(chǎng)支持有機(jī)分子和生物大分子。MMFF94力場(chǎng)提供更豐富的原子類(lèi)型設(shè)置為。使MMFF94計(jì)算多處理器支持。
模型資源管理器
(W)為探索大型模型的分層樹(shù)結(jié)構(gòu)的控制。進(jìn)口Pdb文件和檢查鏈,組,和配體。這個(gè)新功能提供了細(xì)粒度的控制。
分子建模與動(dòng)力學(xué)
(W)工作站質(zhì)量的分子模擬。
MOPAC接口
(W)接口的異構(gòu)結(jié)構(gòu)。(注:MOPAC應(yīng)用要求。見(jiàn)應(yīng)用包括部分澄清。)
支援多重處理器
使MMFF94計(jì)算多處理器支持。
局部表面
(W)生成和顯示對(duì)蛋白質(zhì)的活性位點(diǎn)的局部表面。
PKA
計(jì)算出的酸離解常數(shù)Ka值的對(duì)數(shù),這就是溶液中酸的強(qiáng)度的定量測(cè)量。
幻燈片演示文稿軟件
(W)嵌入結(jié)構(gòu)模型在PowerPoint文件。旋轉(zhuǎn)和縮放結(jié)構(gòu)模型演示文稿時(shí)。
保存到Dropbox
使用云存儲(chǔ)通過(guò)Dropbox保存在一個(gè)安全的可共享的云的位置共享和進(jìn)口chembio3d模型。
Schr dinger捷豹?接口
(W)接口?薛定諤薛定諤Chem3D捷豹,從頭計(jì)算軟件包。(注:捷豹的應(yīng)用要求。見(jiàn)應(yīng)用包括部分澄清。)
光譜分析儀
(W)顯示來(lái)自捷豹,高斯譜的計(jì)算結(jié)果,并會(huì)在單獨(dú)的窗口中的圖形顯示。
隨機(jī)構(gòu)象分析
使用隨機(jī)構(gòu)象跳躍法測(cè)定分子的低能量極小。
結(jié)構(gòu)瀏覽器
(W)可以讓用戶(hù)輕松瀏覽一系列的小分子和比較它們的結(jié)構(gòu)和性質(zhì)。