Cytospace(網(wǎng)絡分析軟件)v3.8.0免費版

Cytospace是一個用于復雜網(wǎng)絡分析的開源網(wǎng)絡的軟件，可幫助用戶集成，分析和可視化數(shù)據(jù)，它支持多種網(wǎng)絡描述格式，也可以用以Tab制表符分隔的文本文檔或Microsoft Excel文件作為輸入，或者利用軟件本身的編輯器模塊直接構建網(wǎng)絡。

功能特色

支持多種標準

Cytoscape支持很多標準的網(wǎng)絡和注釋文件格式，包括：SIF(Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association。SIF (Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association. 還支持限定的文本文件和MS Excel? Workbook，您可以導入由其他應用程序或電子表格程序生成的數(shù)據(jù)文件，如表達譜或GO注釋。使用該功能，您可以加載和保存節(jié)點、邊和網(wǎng)絡上的任意屬性。例如，為您的蛋白質輸入一組自定義注釋術語，為您的蛋白質-蛋白質相互作用創(chuàng)建一組置信值。

公共數(shù)據(jù)庫客戶端

Cytoscape是作為一個網(wǎng)絡服務客戶端工作的，這意味著Cytoscape可以直接連接外部公共數(shù)據(jù)庫，導入網(wǎng)絡和注釋數(shù)據(jù)。這意味著Cytoscape可以直接連接到外部公共數(shù)據(jù)庫，并導入網(wǎng)絡和注釋數(shù)據(jù)。目前，我們支持Pathway Commons, IntAct, BioMart和NCBI Entrez Gene。我們還將繼續(xù)為熱門數(shù)據(jù)庫開發(fā)新的服務客戶端。

互操作性

由于Cytoscape支持導入/導出標準文件格式，你可以很容易地將Cytoscape放入你的工作流程中。例如，如果你有一個由 igraph 或 Bioconductor 生成的網(wǎng)絡數(shù)據(jù)，Cytoscape 可以將該文件以文本表的形式加載，并以 PSI-MI 格式導出，供其他生物信息學工具或你自己的應用程序/腳本使用。

從 3.3 版本開始，Cytoscape 支持 RESTful API 的編程訪問。你可以使用你選擇的編程語言來訪問Cytoscape的核心功能，如創(chuàng)建網(wǎng)絡，應用布局，或圖像導出。

會話文件

你可以通過一鍵保存你的工作。所有的設置、數(shù)據(jù)文件和可視化都打包在一個會話文件中。它被稱為Cytoscape會話(.cys)文件。Cytoscape 會話文件包括網(wǎng)絡、屬性(節(jié)點/邊緣/網(wǎng)絡)、桌面狀態(tài)(選擇/隱藏節(jié)點和邊緣、窗口大小)、屬性、一些插件狀態(tài)和可視化風格。

布局

在二維空間布局網(wǎng)絡。 有多種布局算法可供選擇，包括循環(huán)、樹形、力導向、邊緣加權和yFiles有機布局。您也可以使用類似于其他圖形應用程序用戶界面的手動布局工具。

圖像導出

您可以將網(wǎng)絡導出為可發(fā)布的高質量圖像。支持PDF、PS、SVG、PNG、JPEG和bmp文件。矢量圖像(PDF和PS)可以通過其他應用程序(如Adobe Illustrator)進行修改，以進一步增強。

VizMapper

使用強大的VisualStyles自定義網(wǎng)絡數(shù)據(jù)顯示。在網(wǎng)絡上查看基因表達比和p值的疊加。 表達數(shù)據(jù)可以根據(jù)用戶配置的顏色和可視化方案，映射到節(jié)點顏色、標簽、邊界厚度或邊界顏色等。

篩選

過濾網(wǎng)絡，以根據(jù)當前數(shù)據(jù)選擇節(jié)點和/或相互作用的子集。 例如，用戶可以根據(jù)基因表達數(shù)據(jù)加載的p值，選擇參與交互的閾值數(shù)量的節(jié)點、共享特定GO注釋的節(jié)點，或在一個或多個條件下基因表達水平發(fā)生顯著變化的節(jié)點。您可以從過濾結果中創(chuàng)建新的網(wǎng)絡。

檢索

從搜索窗口搜索目標節(jié)點和邊。Lucene語法支持任意復雜的查詢。

瀏覽

放大/縮小和平移瀏覽網(wǎng)絡。使用網(wǎng)絡管理器可以輕松組織多個網(wǎng)絡。而且這種結構可以保存在會話文件中。使用鳥瞰圖輕松瀏覽大型網(wǎng)絡。通過高效的渲染引擎輕松瀏覽大型網(wǎng)絡(100,000+節(jié)點和邊)。

查找模塊/集群

尋找活躍的子網(wǎng)絡/途徑模塊。根據(jù)基因表達數(shù)據(jù)對網(wǎng)絡進行篩選，找出相互作用的連接集，即相互作用子網(wǎng)絡，其基因表現(xiàn)出特別高的差異表達水平。 每個子網(wǎng)絡中包含的相互作用為控制觀察到的表達變化的調(diào)控和信號傳導相互作用提供了假設。在任何加載到Cytoscape中的網(wǎng)絡中找到簇(高度相互連接的區(qū)域)。根據(jù)網(wǎng)絡的類型，簇的含義可能不同。例如，蛋白質-蛋白質相互作用網(wǎng)絡中的簇已被證明是蛋白質復合物和途徑的一部分。蛋白質相似性網(wǎng)絡中的簇代表蛋白質家族。

應用管理器和應用商店

可用于網(wǎng)絡和分子輪廓分析的App。Cytoscape是一個用Java編寫的軟件，你可以通過編寫Java代碼來編寫自己的App進行數(shù)據(jù)分析、導入和可視化。更多的Apps可以在Cytoscape App Store中找到。你可以在App Manager中一鍵安裝大部分Apps，或者直接從App Store中安裝(這是Cytoscape 3的一個功能)。